Wofür ist die Einteilung als Sonderbau (Art. 2 Abs. 4 BayBO) relevant?

Die Klassifizierung als Sonderbau hat verfahrenssteuernde Wirkung. Alle Sonderbauten unterliegen dem regulären, also vollumfänglichen Genehmigungsverfahren gemäß Art. 60 BayBO. Nicht-Sonderbauten sind dagegen im vereinfachten Verfahren nach Art. 59 zu prüfen und können sogar im Freistellungsverfahren (Art. 58) realisiert werden.

Zudem sind teilweise andere bautechnische Nachweise gemäß Art. 62 BayBO notwendig.

Kann ein Bauvorhaben untersagt werden, wenn es gegen § 33 BauGB verstößt?

Nein, § 33 BauGB ist ausschließlich ein Zulassungs- und kein Untersagungstatbestand. Ein Vorhaben ist also nicht deswegen unzulässig, weil es einem aufzustellenden Plan widerspricht. Es ist aber unter den dort genannten Voraussetzungen zulässig, wenn es zwar nicht dem bestehenden, aber dem kommenden Bebauungsplan entspricht.

Was bedeutet es, wenn für das Vorhaben ein Planfeststellungsverfahren notwendig ist?

Dann werden alle (auch baurechtlichen) Vorschriften im Rahmen des Planverfahrens geprüft („formelle Konzentrationswirkung“). Geprüft wird dann durch die für dieses zuständige Behörde, nicht durch die Baubehörden. Unter bestimmten Voraussetzungen (§ 38 Satz 1) gelten die Vorschriften der §§ 30 bis 37 allerdings nicht.