Kann die Baugenehmigung versagt werden, wenn das Vorhaben gegen nicht zu prüfende Vorschriften verstößt?

Ja, dies ist gemäß Art. 68 Abs. 1 Satz 1 Halbsatz 2 BayBO zulässig. Die Baubehörde muss also nicht erst die Genehmigung erteilen und danach sofort eine Einstellung verfügen, sondern kann dies bereits im Genehmigungsverfahren berücksichtigen. Insoweit fehlt es dem Bauherrn am Sachbescheidungsinteresse.